常用的文献管理软件除了 EndNote 还有很多，有的是公开源代码，有的是免费。国产的也有几个文献管理软件。本文就列举一下常见的文献管理软件。
1、EndNote：
EndNote 的功能强大自不必说，强大到何种程度，几乎没有 EndNote 不能解决的问题，即使某些变态的极其复杂的引文和输出格式，EndNote 也能轻松应对。
除此之外，EndNote 的强大之处还在于其自定义特性，通过自定义 EndNote 的输出格式，滤件和连接论文件，几乎没有 EndNote 干不了的事儿。科研动力也就使用 EndNote 过程过程中遇见的问题作过解析和总结，可见 EndNote FAQs。为了更好的更系统的介绍 EndNote，科研动力也对 EndNote 英文帮助文件进行了汉化。当然其中也有很多不妥的地方，希望大家能够指出。
但是 EndNote 也有很多不足，比如分组只支持二级目录，EndNote 也不支持标签。相比之下的 Zotero 这方面就强大的多，可以支持多级分类目录，还可以为文献打标签。
其实这也都不是事儿，最主要的是 EndNote 是商业软件，对于普通个人用户，太贵了。不过 EndNote 厚道之处在于没有验证机制，只要有授权文件就能用，而且网上的授权文件一找就能找到。
EndNote 相关资源：
EndNote 官网：http://www.endnote.com/
Output Styles 下载：http://endnote.com/downloads/dla/styles.zip
Import filters 下载：http://endnote.com/downloads/dla/filters.zip
Connection files 下载：http://endnote.com/downloads/dla/connections.zip
Writing templates 下载：http://endnote.com/downloads/dla/templates.zip
EndNote 中文帮助：https://www.howsci.com/endnote/
2、Mendeley：
Mendeley 这几年挺火，特点是其社区功能，大家可以共同分享和讨论文献。这是 Mendeley 最大的特色。Mendeley 还加入了最新的文献评价指标：Altmetric，这是一个新兴的论文评价指标，相比于以往的影响因子，更能反应新兴的社交媒体的影响力。当然影响因子并不是评价论文质量的指标，本质上是评价期刊的指标。但是现在国内一般都把期刊的影响因子作为评价论文的重要指标罢了。
Mendeley 还是一个免费的软件，用户可以无偿的免费使用。但是 Mendeley 对于国内用户来说有个不好的功能，需要联网登陆才能使用，蛋疼的是有时候 Mendeley 会被墙，老是连接不上，这个比较悲催。
Mendeley 相关资源：
Mendeley 官网：https://www.mendeley.com/dashboard/
Mendeley for Windows：https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/windows/instructions/
Mendeley for Mac OS X 10.6+：https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/mac/instructions/
Mendeley Desktop for Linux：https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/linux/
Mendeley for iPhone, iPod Touch and iPad：https://itunes.apple.com/gb/app/mendeley-reference-manager/id380669300
3、Zotero：
Zotero 也有不少的死忠用户，Zotero 是一个开放源代码的文献管理软件。Zotero 特色之处是可以作为浏览器插件进行使用，其实这也是 Zotero 的本质之处。本地的 Zotero 的文献数据库还可以免费上传到 Zotero 的网络服务器上，并且不受空间大小限制。但是本地的 Zotero 的附件，在网络服务器上有大小限制，Zotero的网络服务器仅为每用户提供300M免费存储容量。
Zotero 相比于 EndNote，免费不用说，最大的特色是无限级的目录分类，一个目录下可以分为多个子目录，这样管理起来文献就方便多了，而 EndNote 只支持二级目录。Zotero 还支持文献的标签功能，为每个文献自动打上标签，当然用户也可以自定义标签，这又增加了文献管理功能。
Zotero 相关资源：
Zotero 官网：https://www.zotero.org
Zotero for Windows：https://download.zotero.org/standalone/4.0.28/Zotero-4.0.28_setup.exe
Zotero for Chrome：https://chrome.google.com/webstore/detail/ekhagklcjbdpajgpjgmbionohlpdbjgc
Zotero for Firefox：https://download.zotero.org/extension/zotero-4.0.28.3.xpi
Zotero for Safari：https://download.zotero.org/connector/safari/Zotero_Connector-4.0.21-1.safariextz
4、JabRef：
JabRef 是一个开放源代码、处理 BibTeX 格式的文献管理软件，提供了简易操作的界面来编辑 BibTeX 档案。 功能包含从网络上的科学数据库汇入资料，以及整理和搜寻 BibTeX 档案等。
JabRef 的发布遵循GNU通用公共授权条款。软件则是用Java作编程，可以使用于各种操作系统，如 Windows、Linux、Mac OS X。
JabRef最初的版本发布于2003年11月29日。 其名称 JabRef 代表着 Java、Alver、Batada、Reference。 其中 Alver 和 Batada 分别为 Morten O. Alver 和 Nizar Batada，两位最初的开发者。
JabRef 没用过，因此以上内容都是来自维基百科。
JabRef 相关资源：
JabRef 官网：http://jabref.sourceforge.net/
JabRef 最新稳定版下载：http://sourceforge.net/projects/jabref/files/jabref/2.10/
5、NoteExpress：
NoteExpress 是一个国产文献管理软件，据说对中文文献和中文数据库的支持比 EndNote 好。在国内也有不少用户，不过这个软件是商业软件，学生版 198，不要 1998！也不要 998！只要 198！NoteExpress 就能拿回家~~~永久版需要 698 元。
但是有这钱我就用 Zotero，因此对 NoteExpress 一直不感冒。网上也有破解版的，但是也没有尝试过。顺便说一句，尽量不要使用破解版的软件。
NoteExpress 相关资源：
NoteExpress 官网：http://www.inoteexpress.com/
NoteExpress 购买：http://www.inoteexpress.com/CompanyWeb/cartstart.do
6、CNKI E-Study：
CNKI E-Study是中国知网官方推出的科研工具，不仅具备了文献管理功能，还具备了在线投稿和写作功能。所以中国知网将其定义为“学习与研究平台”。
E-Study支持多类型文件的分类管理，支持目前全球主要学术成果文件格式，包括：CAJ、KDH、NH、PDF、TEB等文件的管理和阅读。 新增图片格式文件和TXT文件的预览功能。 支持将WORD、PPT、TXT转换为PDF。
E-Study支持将文献内的有用信息记录笔记，并可随手记录读者的想法、问题和评论等；支持笔记的多种管理方式：包括时间段、标签、笔记星标；支持将网页内容添加为笔记。
基于中国知网平台，E-Study能够非常方面的与中国知网的资源库进行对接，支持CNKI学术总库检索、CNKI Scholar检索等，将检索到的文献信息直接导入到学习单元中；根据用户设置的帐号信息，自动下载全文，不需要登录相应的数据库系统。
E-Study 相关资源：
CNKI E-Study 3.2.1：http://estudy.cnki.net/
其他文献管理软件：
还有不少文献管理软件，有的很小众，有的功能很单一，不能称为真正的文献管理软件。有兴趣的研友可以试试。下面的文献管理软件，有的只是针对一种软件，如LaTeX，有的只是网页生成参考文献格式，有的是真正免费的文献管理软件。多说一句 ReadCube 虽然是一个新兴的软件，后劲可能不小。
相关资源；
ReadCube：https://www.readcube.com/
NoteFirst： http://jigou.notefirst.com/
EasyBib：http://www.easybib.com/
RefWorks：http://www.refworks.com/
Bibme：http://www.bibme.org/
NoodleTools：http://www.noodletools.com/
Citation Machine：http://citationmachine.net/
TextCite：http://textcite.sourceforge.net/
CiteULike：http://www.citeulike.org/
OttoBib：http://www.ottobib.com/
Bookends：http://www.sonnysoftware.com/
WebCite：http://www.webcitation.org/
Toolbox：http://www.neilstoolbox.com/index.htm
Biblioscape：http://www.biblioscape.com/
Cite This for Me：https://www.citethisforme.com/zh
Citelighter：https://www.citelighter.com
Cite Fast：http://www.citefast.com/
WorksCited4u：http://www.workscited4u.com/
Aigaion：http://sourceforge.net/projects/aigaion/
Bebop：http://people.alari.ch/derino/Software/Bebop/index.php
BibBase：http://bibbase.org/
BibDesk：http://sourceforge.net/projects/bibdesk/
BibSonomy：http://www.bibsonomy.org/
Bibus：http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page
Citavi：http://www.citavi.com/
ColWiz：https://www.colwiz.com/
Docear：http://www.docear.org/
KBibTeX：http://home.gna.org/kbibtex/
Paperpile：https://paperpile.com/
Papers：http://www.papersapp.com/
Pybliographer：http://pybliographer.org/
Qiqqa：http://www.qiqqa.com/
Refbase：http://www.refbase.net/index.php/Web_Reference_Database
RefDB：http://refdb.sourceforge.net/
RefME：https://www.refme.com/i/
Referencer：https://launchpad.net/referencer
SciRef：http://sci-progs.com/
Sente：http://www.thirdstreetsoftware.com/site/Sente.html
Wikindx：http://wikindx.sourceforge.net/index.html
WizFolio：http://wizfolio.com/
暂且就先列举这些吧，虽然未难全部，但是上面这些文献管理软件总有一款会适合你。