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看了孙军老师的博文《刚刚出炉的退稿意见，大家都学学其中的审稿和拒稿学问：） 》，觉得给出的材料不是很清楚。
从后面的退修、复审、再退修的时间看，这篇论文应该是2011年12月16日投稿，2012年1月9日初审意见发给作者，要求4周内（2月6日前）完成修改。实际是2月10日收到作者的修改稿（晚了4天，可能是因为春节假期）。
从这个过程看，一审的两位审稿人在大约三周多的时间完成了审稿意见。考虑正值年底和期末，这个审稿过程还是很快的——国外一般快报（letters）要求referee两周给出审稿意见，一般文章常常是超过一个月才见到审稿意见，而且是编辑催了几次。
初审意见口气还是很温和的，而且提出了具体修改意见。一般情况下如果作者按照这些具体修改意见一一进行修改，二审是很容易通过的。二审的意见在表里没有出现。但是二审还是很快的。从2月10日编辑部收到第一次修改稿到2月27日收到审稿人的二审意见，只有17天。考虑到这期间基本上是学校的寒假期间，二审可以说是相当快了。同样，要求作者4周内（到3月26日）修改再送。这次作者提前12天修改好再送编辑部。
So far so good——审稿人很认真负责，审稿意见至少是及时（如果不是说很快的话）返回编辑部。作者也很认真对待，及时修改，再送。
问题出在三审！耗时三个月（这已经不正常了），到6月18日，主编直接给出退稿的终审意见（这更不是正常的审稿程序）。
说明对于第三稿，审稿人与作者之间有很尖锐的不同意见，矛盾激化，不得不上交到主编那里仲裁。主编（或者另外请的专门审稿人）至少部分同意了审稿人意见。而矛盾的起因，很可能是二审的时候已经出现。
具体的因果，不看到二审意见和三审意见局外人无法判断。但是以笔者多年与审稿人打交道和自己审稿的经验，觉得有几点看法可以供大家参考：
1. 笔者首先想说的是：审稿人和作者之间的关系是合作，而不是敌对。
任何文章都不会是十全十美。笔者拜读过Einstein关于Brownian运动的经典文献，觉得其表述在逻辑上不如后来的理论描述那么自然——当然，也可能是我自己理解能力有限。但是至少后来Langevin的理论描述更简洁直观、更抓住物理本质是大家公认的。即使十全十美，对同样问题不同的人会偏好不同的物理描述或者不同的逻辑表述。所以审稿人的出发点就是通过审稿意见使得作者的文章能更好地表达其物理内涵（除非开始就觉得文章的内容是重复前人的工作或者物理上是不对的）。
更重要的是，文章一旦发表出来，审稿人就要和作者共同承担责任，却得不到任何credit!! 就是说，审稿人辛辛苦苦帮助修改，精雕细琢出一篇好文章，赞扬、得奖，都是作者，没有审稿人什么事；而一旦有任何错误，审稿人首先要承担没有很好把关的责任！甚至会影响到审稿人的学术声誉。
看到一些作者对审稿人不满意，或者一些审稿人对作者横挑鼻子竖挑眼。关键都是没有摆正这个心态，没有明白双方其实是合作者。这一点笔者觉得ApJ和PoP做得比较好。过去（最近换了出版社以后就不清楚了）ApJ有一个不成文的传统，就是帮助作者把文章改好。所以只要文章在物理上有新意，就尽量帮助作者修改提高。尽管有时候来回几审、甚至换审稿人，最后还是力争把你的观点发表出来。这其实是办学术刊物的宗旨。（现在多数的刊物已经把这个宗旨丢掉了，很可惜。）PoP也是这样，主编和编辑部会督促审稿人及时公正地把意见告诉作者。而且一旦审稿人和作者在重大问题上意见分歧，也会及时请权威的专家出来做出有说服力的决定。
有一次笔者审一篇文章，觉得对所研究的问题是很重要的贡献。但是总觉得有点意犹未尽，所以建议作者把它做完。可是作者是某国人，固执得很，就是不改。说：我这些工作发一篇文章足够了。另一个审稿人开始提了一些简单的意见，但是被这个作者拒不接受批评的固执惹恼了，二审意见变成should be rejected。主编把他们打架的经过发给我，问我怎么看。我说，这些意见都不是原则错误。尽管这个作者没有接纳，但不影响主要结果的正确性和重要性。还是应该让同行都看到这个结果——因为有助于这方面研究工作的发展。主编的回信给我触动很大：他说，主要依据你的意见，我决定发表这篇文章。我们一起来take the responsibility！这是我第一次感到作为一个审稿人的特殊责任：没有任何credit，但是却要为文章可能出的错误承担责任！感到审稿人与作者其实是在同一条船上。
这一点JGR做得最好：鼓励审稿人公开自己的名字，由编辑部在文章最后写上：感谢审稿人XX和XX，以此来敦促审稿人时时牢记自己的责任，牢记自己其实是作者的合作者（而且得不到任何回报）。这才是真正的科学精神。
2. 明白了审稿人和作者的关系，就会了解审稿人的任务其实很简单：1）发现文章的价值（包括是否适于在学术刊物上发表）；2）帮助作者修改文章，使得文章达到适于发表的要求（包括内容和表述形式）。看孙老师博文中的两个初审意见，基本上来说做到了上述两点。他们基本肯定了文章里的结果值得发表，然后提出很详尽的修改意见。笔者觉得，根据以往审稿和投稿的经验，看到这样相当positive的初审意见，发表应该不成问题。关键是作者如何看待和回复审稿意见。
3. 对于作者来说，明白了笔者上面说的审稿人的责任，就应该以感谢的心情来看待审稿人意见。特别是国内刊物。
有一位老先生多次感叹：国内评价体系主要靠数文章、看影响因子固然不足取，但是小同行太少，也是无可奈何的事情。这也表现在文章的审稿上。笔者收到编辑部的审稿信很多都是已经转了几圈找不到审稿人（多数是表示不熟悉，而熟悉的人又没有时间审）。所以找到一个审稿人愿意审稿，对编辑部来说是松了一大口气。常常是笔者勉强应下来一个审稿任务，编辑高兴地说：太谢谢了！那口气确实是发自内心的。一些作者往往不知道编辑部工作的这些艰辛，觉得审稿周期太长。希望大家在等待心急的时候，也想想这些编辑的难处。
作者最要记住的是：审稿人提意见是他/她对工作、对作者负责的表现。笔者有时会看到有的审稿人对作者提两条无关痛痒的意见，然后就放行了。这其实是对作者、对刊物、对同行、对科学都极端不负责任的。
就说对作者。如果文章有错误（不管是低级的还是致命的），作者自己没发现，审稿人又不负责任，就那么发出去了——假如是致命的错误，会大损作者的学术声誉，以后你做的工作别人都要加一个question mark了！如果是低级的错误，则可能成为同行间的笑柄。这其实也是这些审稿人对自己不负责——至少主编和编辑们知道，这样的错误是从你这里开绿灯出去的！而且对刊物的声誉也是很大的损失。
所以，笔者的建议：1）端正心态，对审稿意见抱一种积极的态度；2）除非原则问题，要尊重审稿人的修改意见，尽量按照审稿人提议逐条地改正；3）当然，原则问题（物理上对不对）不能迁就，但是即使审稿人错了，也委婉地（至少是陈述式地）回答，不要带任何感情色彩；4）即使审稿人带了感情色彩，也要冷静处理——对方也是学问人，而且很可能是大家、权威，会懂得不能输了风度的。笔者和很多原来态度不是很好的referees打过交道，只要保持自己的风度和科学态度，对方也就缓和下来——毕竟很多人（主编、其他referee，编辑部的工作人员）都在看着，人人心里都是有数的。
有点长，有些细节就不说了。